Das Landesparlament in Stuttgart entscheidet sich im Oktober 2006 in einem Grundsatzbeschluss dafür. Unterdessen muss die Bahn zugeben, dass die Baukosten um bis zu eine Milliarde Euro teuer werden könnten. Der Bundestag vertagt seine Entscheidung über weitere Kostenzuschüsse in Höhe von 500 Millionen Euro mehrmals. Bahn und Bund verlangen vor allem von der Stadt Stuttgart eine höhere finanzielle Beteiligung an den Mehrkosten. Im Juli 2007 einigen sich die Beteiligten schließlich bei einem Spitzentreffen im Bundesverkehrsministerium. Baden-Württemberg zahlt demnach mit knapp einer Milliarde Euro mehr als ursprünglich geplant und finanziert zudem den Bundesanteil vor, der erst ab 2016 zur Verfügung steht. Im Gegenzug soll der Baubeginn allerdings auf das Jahr 2010 vorgezogen werden.
Viele Stuttgarter sind mit diesen politischen Entscheidungen unzufrieden, sie wollen "Stuttgart 21" nicht und nutzen ihr demokratisches Recht: Rund 67.000 Bürger sprechen sich im Dezember 2007 mit ihrer Unterschrift für einen Bürgerentscheid über das Projekt aus, den der Gemeinderat der Landeshauptstadt jedoch mit großer Mehrheit ablehnt. Das Verwaltungsgericht Stuttgart bestätigt diese Entscheidung.
Der Bundestag gibt im November 2008 mit der Verabschiedung des Haushalts für das Jahr 2009 grünes Licht. Im April 2009 unterzeichnen Verkehrsminister Wolfgang Tiefensee (SPD), Ministerpräsident Günther Oettinger (CDU) und Bahnvorstand Stefan Garber eine Finanzierungsvereinbarung.
Die Kritik von Gegnern richtet sich auch gegen die immensen Kosten. Und in der Tat macht der Durchgangsbahnhof seinem Namen alle Ehre, immer mehr wird er zu einem Fass ohne Boden: 4,1 Milliarden Euro sind es jetzt, die Bahnchef Grube im Dezember 2009 dem Aufsichtsrat präsentiert. Dennoch segnet dieses Gremium, ebenso wie der Verkehrsausschuss des Bundestages, die Mehrkosten erneut ab. 16 Jahre nach der ersten Präsentation beginnen schließlich am 2. Februar 2010 die Bauarbeiten am Stuttgarter Bahnhof. Doch bereits im folgenden Juli informiert Grube über neue Horrorzahlen: Auch die Hochgeschwindigkeitstrecke nach Ulm wird statt bisher 865 Millionen jetzt 2,9 Milliarden Euro kosten. In einem Gutachten für das Umweltbundesamt heißt es sogar, dass insgesamt mit bis zu elf Milliarden Euro und erheblichen Verkehrsproblemen zu rechnen sei.
Es gab also seit Beginn von Stuttgart 21 viele Probleme mit der Finanzierung, keine ernsthafte Prüfung von Alternativen, Zweifel an der Notwendigkeit des Projektes und Einwände tausender Bürger. Langsam, vielleicht zu spät, aber dennoch stetig, stieg mit dem nahenden Baubeginn auch der laute, auf den Straßen sichtbare Protest an. Seit November 2009 beteiligen sich wöchentlich mehrere tausend Menschen an Montagsdemonstrationen und anderen Protestaktionen. Im sonst so beschaulichen Schwabenland kommt es zu kurzzeitigen Besetzungen von Baggern, Jugendliche ketten sich an Bäume, lokale Prominente fordern in einem "Stuttgarter Appell" einen sofortigen Baustopp und einen Volksentscheid. Auch die Landes-SPD, obwohl grundsätzlich für das Vorhaben, will inzwischen, dass die Bürger abschließend über das Projekt entscheiden.
Bundeskanzlerin Angela Merkel (CDU) hat als Reaktion auf die massiven Proteste die kommenden Landtagswahlen in Baden-Württemberg im März 2011 zur Abstimmung über Stuttgart 21 erklärt. Ob das aus ihrer Sicht klug war?
Denn ein Merkmal repräsentativer Demokratien ist es eben auch, dass Wähler die politisch Verantwortlichen für angenommene Fehlentscheidungen durch Abwahl zur Rechenschaft ziehen können. Schon im Juni 2009 verlor die CDU bei den Kommunalwahlen ihre Mehrheit in der Landeshauptstadt. Auch wegen ihres jahrelangen Widerstandes gegen Stuttgart 21 sind die Grünen überraschend stärkste Fraktion geworden.
Möglicherweise sind die Entscheidungen des Parlamentes für Grube langfristig keine Sache mehr, auf die er sich berufen kann. Denn in einer repräsentativen Demokratie geht der Wille letztlich doch vom Volk aus. Das akzeptiert auch die Landesregierung von Baden-Württemberg - sonst hätte sie wohl den Südflügel des Hauptbahnhofs abgerissen, anstatt die Arbeiten daran zu stoppen.