Das U-Boot war im November 2017 im Südatlantik verschollen. Nach einjähriger Suche wurde das Wrack rund 500 Kilometer vor der Küste der argentinischen Provinz Santa Cruz in mehr als 900 Metern Tiefe am Meeresboden entdeckt. Es war bei einer Implosion, die offenbar durch einen technischen Defekt verursacht wurde, zerquetscht worden. Das Wrack wurde nie geborgen.
Vor dem Gericht in Río Gallegos, der Hauptstadt von Santa Cruz, müssen sich vier frühere ranghohe Marineoffiziere verantworten. Ihnen wird eine Verletzung ihrer Dienstpflichten und schwere fahrlässige Zerstörung zur Last gelegt. Den Männern drohen Haftstrafen zwischen einem Jahr und fünf Jahren.
Die "ARA San Juan" hatte sich auf dem Weg von Ushuaia an Argentiniens Südspitze zu ihrem Heimathafen Mar del Plata befunden. In ihrem letzten Funkspruch meldete die U-Boot-Besatzung am 15. November 2017 einen Kurzschluss und ein Feuer an Bord. Kurz darauf wurde eine Explosion im Südatlantik registriert. Experten vermuten, dass Wasser in das in Deutschland gebaute U-Boot eingedrungen war, was zu dem Kurzschluss führte.