Ilia II. wurde 1933 als Irakli Ghuduschauri-Schiolaschwili geboren und stieg während der Sowjetzeit in der kirchlichen Hierarchie auf. Er wurde zu einer zentralen moralischen Autorität während der georgischen Unabhängigkeitsbewegung. Ilia II. hatte im eigenen Land ein hohes Ansehen und spielte in Zeiten politischer Krisen eine stabilisierende Rolle, oft vermittelte er zwischen rivalisierenden Fraktionen. Unter seiner Führung baute die Kirche ihren Einfluss auf die georgische Politik und das öffentliche Leben aus und pflegte enge Beziehungen zum Staat.
Kritiker werfen der Kirche allerdings unter anderem vor, zu zurückhaltend auf das harte Vorgehen der Regierung gegen Oppositionelle und die Zivilgesellschaft zu reagieren und konservative Gesetze zu unterstützen. Außerdem wird der Kirche vorgeworfen, zurückhaltend bei Kritik an der Regierung der Partei "Georgischer Traum" zu sein. Die Opposition wirft der Regierung in Tiflis vor, zunehmend in Autoritarismus zu verfallen und sich Russland anzunähern, was die Regierung zurückweist.