Der rechtsextreme Politiker war am Mittwoch erstmals aus dem Gefängnis freigekommen, um in der Privatklinik DF Star in Brasília an der Leiste operiert zu werden. Auch dieser Eingriff am Donnerstag verlief nach Angaben seiner Frau "ohne Komplikationen".
Bolsonaro leidet gesundheitlich unter den Folgen einer Bauchverletzung durch einen Messerangriff während des Wahlkampfs 2018. Nach dem Angriff musste er mehrfach operiert werden.
Richter Alexandre de Moraes hatte am Dienstag einem Antrag von Bolsonaros Anwälten stattgegeben, die eine vorübergehende Freilassung des 70-Jährigen für die Leistenbruch-Operation gefordert hatten. Bolsonaro ist seit Ende November in einem Präsidium der Bundespolizei in Brasília inhaftiert, nachdem er mit einem Lötkolben versucht hatte, seine Fußfessel zu lösen.
Moraes war für den Prozess zuständig, bei dem Bolsonaro im September zu mehr als 27 Jahren Haft verurteilt worden war. Das Oberste Gericht befand den Ex-Präsidenten für schuldig, eine "kriminelle Organisation" angeführt zu haben, die seine Wahlniederlage von 2022 gegen Lula habe kippen wollen.