Noch bevor ein Kind laufen und sprechen lernt, kann es Männer von Frauen unterscheiden und zum Beispiel eine weibliche Stimme einem weiblichen Gesicht zuordnen. Bis zu seinem dritten Geburtstag hat es begriffen, dass es selbst ein Junge oder ein Mädchen ist. Und in den darauf folgenden Jahren lernen Kinder, dass diese Eigenschaft ein unveränderlicher Kern der Persönlichkeit ist, der nicht nur durch äußerliche Attribute wie zum Beispiel Lippenstift zustande kommt. Inwieweit das Bewusstsein für das eigene Geschlecht anerzogen oder angeboren ist, das trotz umfangreicher Forschung noch immer nicht geklärt - vermutlich wirken hier viele Ursachen zusammen.
Welche Ursachen das sind, vermeinen Fachleute am besten an Menschen erforschen zu können, die ihr biologisches Geschlecht nicht akzeptieren, bei Transsexuellen. Obwohl manche Menschen genetisch, hormonell und anatomisch eindeutig einem Geschlecht angehören, empfinden sie es subjektiv anders. Transsexuelle Menschen fühlen sich, als wären sie im "falschen Körper gefangen". Die Ursachen für eine solche "Geschlechtsidentitätsstörung" verstehen die Wissenschaftler bislang kaum. Manche Forscher wollen Unterschiede in einer bestimmten Hirnstruktur, dem Hypothalamus, gefunden haben, und vermuten hier den Sitz der Geschlechtsidentität. Es gibt auch Befunde, wonach Transsexualität durch eine Hormonstörung im Mutterleib zustande kommen könnte, durch die sich das Gehirn anders als vorgesehen entwickelt. Diese Theorien sind aber umstritten, denn die Befunde sind nicht eindeutig. Andere Sexualforscher definieren Transsexualität gerade dadurch, dass es im Gegensatz zur Intersexualität keine bekannte biologische Ursache gibt.