Insgesamt verlaufen sechs Gleise für den S-Bahnverkehr, die Regional- und Fernbahn. Seit der Fertigstellung des Bahnhofs Flughafen Berlin Brandenburg 2011 wurden knapp zehn Jahre lang nur Ausbildungsfahrten und regelmäßige "Entlüftungsfahrten" unternommen, um eine Schimmelbildung zu vermeiden.
